V domácím prostředí spolupracuje Ústav bohemistických studií v rámci FF UK  pedagogicky a odborně především s Ústavem české literatury a literární vědy, s Ústavem českého jazyka a teorie komunikace a s Ústavem Českého národního korpusu. ÚBS rozvíjí odbornou spolupráci s Ústavem jazykové a odborné přípravy UK (problematika testování znalostí češtiny) a s katedrou českého jazyka a literatury Technické univerzity v Liberci (projekt Inovace vzdělávání v oboru čeština jako druhý jazyk). Spolupráce se rozvíjí i s katedrou českého jazyka a literatury Západočeské univerzity v Plzni a s katedrou bohemistiky Univerzity Jana Evangelisty Purkyně v Ústí nad Labem (účast na konferencích pořádaných partnerskými pracovišti, rozvíjení oboru čeština pro cizince). ÚBS úzce spolupracuje i se zahraničními bohemistickými pracoviští, především je třeba jmenovat společný projekt PRIMUS – BACHELOR +, na němž se podílejí bohemistická pracoviště na univerzitách v Lipsku a ve Vratislavi. Spolu s Ústavem slavistiky Humboldtovy univerzity v Berlíně se ÚBS již více než 20 let podílí na organizaci kursů Berliner Bohemicum / Slovacicum, v rámci této spolupráce vzniklo i několik společných učebnic. Na tvorbě učebnic a výukových materiálů ÚBS úzce spolupracuje i s univerzitami v Kyjevě, Lvově, v Sheffieldu a v Seoulu. Učitelé ÚBS pravidelně pedagogicky působí na univerzitách v Seoulu, Tampere, Lipsku, Berlíně, Bruselu, v Santiagu de Compostela a v Gentu. Krátkodobé reciproční přednáškové pobyty ÚBS realizuje s univerzitami v Berlíně, Lipsku, Řezně, ve Vídni a dále v Bruselu, Gentu, Santiagu de Compostela, v Kyjevě a ve Lvově.