Ústav bohemistických studií se zabývá současným českým jazykem a českou kulturou s důrazem na jejich pedagogickou prezentaci zahraničním studentům bohemistiky. Členové ústavu proto velkou pozornost věnují studiu současného českého jazyka ve  všech jeho stylových vrstvách, především se zaměřují na korpusový výzkum běžně mluveného jazyka, na popis české frazeologie a idiomatiky a na stratifikaci dnešní češtiny. Pracovníci ústavu se rovněž soustřeďují na výzkum českých široce chápaných reálií (na odraz české kultury a historie v současné češtině) a na jejich lingvodidaktickou aplikaci ve výuce češtiny pro cizince. Podstatnou část vědecko výzkumné činnosti ÚBS v nedávné historii představoval popis úrovní českého jazyka podle Společného evropského referenčního rámce pro jazyky (konkrétně byl na ÚBS vypracován popis úrovně B1 a B2), v dnešní době se ústav soustřeďuje na vytvoření lingvodidaktického popisu gramatiky českého jazyka pro cizince a na konfrontačně zaměřený výzkum češtiny v rámci slovanských jazyků. Někteří členové ústavu se zabývají i výzkumem testování jazykových znalostí a aplikací poznatků z této oblasti do praxe. ÚBS se v neposlední řadě soustřeďuje na rozvíjení didaktiky češtiny jako cizího jazyka a na tvorbu učebnic a učebních materiálů pro výuku češtiny pro cizince na různých úrovních i zaměření (od výuky vysokoškolské až po nízkoprahové kursy).